这部剧跟另一部神剧《雍正王朝》都是刘和平的编剧，两部剧也有很多相通的地方，一部更重视细节，一部更重视布局。而且两部剧都是围绕一个主题展开的叙事，这个主题就是——国库没钱！因为国库没钱，才引发了官员的大讨论，《雍正王朝》中才有了老四胤禛的下扬州，才有了追缴户部欠款，才有了后来的新政……《大明王朝1566》中，因为国库没钱，才有了改稻为桑，才有了毁堤淹田，才有了沈一石抄家、严党抄家、海瑞冒死进谏……本以为倒了严党，天下就将太平，岂不知最大的蛀虫却是嘉靖帝，而象征人民的海瑞面见嘉靖帝，却被一句“无君无父”的训话，而愧疚不已，在皇权面前败下阵来。
而题目中问的嘉靖帝的话，就发生在第一集，就发生在周云逸死后的第一次朝堂议事。周云逸之所以会死，就是因为他发表了如下言论：“宫内开支无度，阁衙上下贪墨，国库空虚，民不聊生，这是上天示警！”让我想起了《雍正王朝》中的孙嘉诚，他也是拿天象说事：“京师久旱乃是朝中有奸臣！”可见，古代的文人找不到具体的证据，总喜欢拿天气说事，虽然两人的出发点都是为了朝廷，可惜一个被廷杖至死，一个被发往西北，命丧黄泉。
嘉靖帝所谓的“云在青天水在瓶”的言论，就透露出绝对的威严，足够的自信，和不可挑战的皇权至上。可惜周云逸没有搞懂，以为上天可以压过皇权，岂不知上天就是嘉靖帝：“我是大明朝观天象的官员，传天意于天子，除了上天，没有谁能教我。”同样的，在《雍正王朝》中，孙嘉诚挑战雍正帝的皇权时，使用的也是上天：“是上天！”所以，他们两个都死了，死在了他们认为能给主持公道的上天手上！所谓“云在青天水在瓶”，皇权是高高在上的，而水是要装在瓶子里的：比如同样是给皇上报喜，《雍正王朝》中是老十三让张五哥等人满大街喊“西北大捷咯”。
雍正帝听到很高兴，因为这是年羹尧的胜利，也是皇帝的胜利，代表皇权至上。而《大明王朝1566》中也有一次报喜，是冯保发现了降雪，可是这次降雪是在嘉靖帝发布了罪己诏之后，又求了好多天的雪才下来的，他让大家都禁声，自己跑去报喜，结果差点丢掉了小命！同样是水，得装在瓶子里，得有规矩！不讲规矩的周云逸死了，不讲规矩的冯保也差点死了，幸亏他有干爹，并传授给他三思秘籍：“‘三思’就是‘思危、思退、思变’！知道了危险就能躲开危险，这就叫‘思危’；躲到人家都不再注意你的地方这就叫‘思退’；退了下来就有机会，再慢慢看，慢慢想，自己以前哪儿错了，往后该怎么做，这就叫‘思变’！”这就是皇权之下，当奴才的保命良方，这又跟《雍正王朝》中某场景极其相似。
在《雍正王朝》中，隆科多有一个好六叔，有传授给他秘籍：“有人辞官归故里，有人星夜赶科场；少年不知愁滋味，老来方知行路难。”有了这秘籍，隆科多巧妙地去烧了老十三的冷灶，就跟冯保去裕王那一样，只是冯保更能有始有终。嘉靖帝的帝王之策可谓高深莫测，周云逸死了，他也发布了罪己诏：“万方有罪，罪在朕躬……”嘉靖帝一表态，其他人员哪敢不表，什么罪在司礼监，罪在内阁，罪在臣工全都出来了，这就是“水在瓶”的诠释，水是跑不了的。
求雪七天之后，雪就下来了，吕芳一句话表明了什么叫“云在青天”：“皇上有德呀！”皇上是永远不会错的，他也不会表态，弄个铜罄，敲下玉锤，反正都是你们猜测的圣意，猜对了，那是皇上圣明，猜错了，那是臣下愚笨！剧情最后，嘉靖帝审问海瑞：“古人称长江为江，黄河为河，长江水清，黄河水浊，长江在流，黄河也在流。古谚云“圣人出，黄河清”，可黄河什么时候清过？长江之水灌溉了两岸数省之田地，黄河之水也灌溉了数省两岸之田地。
只能不因水清而偏用，也只能不能因水浊而偏废，自古皆然。”是啊，这个世界上谁是清官，谁是贪官？谁能说得清？正所谓：“云在青天水在瓶。”皇权永远高高在上，虽然他也是人所赋予的，就像云，本就是水变的，可是却飘在水之上，水却只能装进瓶子里。也可以理解成让人们保持初心，不管是云还是水，总需要遵循一定的规律，云离不开天，水离不开瓶。
