由此，随着原属国家的卫军被大量占用，其专属于国家的卫军数量自然也就锐减。与此同时，因皇亲国戚、军队将官在役使卫军的过程中往往是不计后果的，是拼了命的奴役这些卫军，如此，是越来越的卫军受不了这些人的奴役，为了活命，他们只得逃亡。其三、月粮减少，军饷被克扣，致使卫军生活无以为继，为了生存，只得逃亡。明初，因朝廷大力推行屯田，所以是粮食富足，正如李承勋在《丰财用疏》所说：“弘治以前，每边在仓粮料，皆百万以上，陈陈相因”，因此正因明廷粮食充足，所以发放给卫所的月粮，不但能供屯军自食，还可给本卫官军充当薪俸。
但是自正德年间后，因“费用俱尽，各镇仓廪皆空”，所以发放给卫军的月粮开始大幅度减少，此时“如米每石值银一两，而官散折银六钱，是官军每月止得米六斗，而少四斗，军何得不贫？”，要知道卫军的生存可都是靠月粮的，月粮若减少，他们的生活必定会受到巨大的影响 ，每月仅能得到六斗米，这几乎是致卫军于死地。而就是在月粮锐减之时，卫军几乎活不下的时候，却还有卫所军官克扣月粮，以充市价，以此中饱私囊，“俺答自通市以来，边备懈驰。
三军月饷，既克其半以充市赏，复克其半以奉要人，士无宿饱，何能御寇？”，如万历年间，与俺答通市之后，就时常发生卫所军官将卫所兵士的月粮克扣，然后卖于蒙古。同时，卫军此时不但面临着月粮大幅度减少的困境，同时还要面临着军饷被卫所军官克扣的死境。正如李承勋在《陈言边事疏》所说：“照得开原并各城堡逃军，先因月粮赏赐，数年缺支，内外各官，科敛民财……以失其心。
此等军役，一身在逃，家产尽弃，妻子田地，属之他人”，月粮的减少，军饷被克扣，最终逼的卫军是连家都不要，只身逃亡。与此同时，不但卫所军官要克扣军饷，朝中那些掌权官员更是变本加厉的克扣本该发给卫所兵士的军饷。如嘉靖年间，严嵩父子专权时，“户部岁发边饷，本以赡军。自嵩辅政，朝出度支之门，暮入奸臣之府。输边者四，馈嵩者六”，本该发放到卫军的军饷，还未从户部发出之时，就被严嵩拿了六成。
而后，户部发往地方后，经过层层剥削，试问到卫军的手中还能剩多少？恐怕连一成都没有。如此，在月粮、军饷皆被那些贪官污吏剥削的几乎是干干净净之时，为了活下去，卫军只得是开始逃亡之路，逃出卫所，去自谋出路。其四、南北调操，不合理的更戍制度，让恐惧的卫军只得逃亡。明初，建立“卫所制”时，明廷就建立了“南人而北，北人而南”的更戍制度，即南方人前往北方驻守，北方人前往南方驻守。
