那么，他又是如何与杨秀清结下仇恨呢？首先，杨秀清在永安搞“天父下凡”，声称上帝要分封五大王，即是杨、萧、冯、韦、石，但却将矿工秦日纲排除在外。要知道，金田起义时，秦日纲可是带着几千矿工入伙；这些矿工组织性、纪律性很强，而且还能够挖掘地道，是攻城拔寨的精干力量。秦日纲没能封王，其内心已对杨秀清有所不满。
定都天京后，杨秀清为树立个人权威，经常杖责诸王，秦日纲也是躺枪之主。例如，秦日纲马夫不向杨秀清同庚叔行礼，杨秀清小题大做，直接来个“天父下凡”，马夫斩首，秦日纲杖责一百军棍。堂堂燕王，居然因这鸡皮蒜毛之事而被打屁股，其内心之不满，可想而知。接下来，看杨秀清和陈承瑢之间矛盾。这应该是杨秀清最不应该得罪之人，因为他的一举动，直接要了杨秀清小命。
熟悉历史的朋友都知道，李世民能在李建成的地盘长安成功发动“玄武门”之变，其中关键因素之一便是收买了玄武门守城将领，否则他会被东宫集团剁成肉酱。陈承瑢，太平天国丞相，也是东殿集团最重要的文官领袖，并兼管天京城防工作，这位置实在重要了。如果没有陈承瑢帮忙，“诛杨密诏”无法送出天京，因为陈承瑢可以直接联系到天王，而且还能利用京城驿马送信。
此外，陈承瑢不打开城门，韦昌辉、秦日纲等勤王之师也进不了天京；只要他临阵倒戈，韦昌辉、秦日纲必死无疑。但是，杨秀清在处理“马夫事件”时，连陈承瑢也一起杖责，实乃大错特错。自从定都天京后，光杆司令洪秀全就当起了“宅男”，深居天王府，不再过问军国大事而是一律交给东王杨秀清打理，因为就算想管也未必管得了。不过，杨秀清实在欺人太甚，已经取得事实上的领导权还不满足，还非要逼迫天王封“万岁”。
此外，杨秀清因看不惯洪秀全任意使唤宫女干杂活，直接来个“天父下凡”，杖责洪天王四十大板。作为光杆司令，洪秀全根本不敢和太平天国一哥杨秀清撕破脸，他只能等待机会。杨秀清虽然势力大，但却和其他实力派关系闹僵，搞得水火不容，以致众怒难平，这就给洪秀全诛杀自己创造了条件。这过程太有意思了，陈承瑢传递“诛杨密诏”，韦昌辉、秦日纲带兵回来，陈承瑢接着打开天京城门，韦昌辉、秦日纲立刻奔向东王府，斩杀杨秀清。
一代枭雄杨秀清，就这样被洪秀全利用派系矛盾给干掉了。杨秀清被干掉后，剩下的实力派是韦昌辉、石达开、秦日纲三位。陈承瑢力量太小，无法对天王构成威胁，可忽略不计；秦日纲是洪秀全发展进拜上帝教，可以作为亲信培养，也算是事实上的盟友。所以，接下来洪秀全要解决的对手是韦昌辉、石达开，这两人势力庞大，均有可能成为下一个杨秀清。
